Üniversite, kararın gerekçesi olarak "öğrencilik statüsüne girişteki eksiklikleri" ve "mezuniyet koşullarının sağlanamamasını" gösterdi.
İstanbul Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Yönetim Kurulu, 24 Temmuz 2025 tarihli toplantısında, İmamoğlu'nun İnsan Kaynakları Yönetimi Tezli Yüksek Lisans programına giriş koşullarını taşımadığını belirledi. Kurul, 1987 tarihli öğrenci yönetmeliğine atıfla, İmamoğlu'nun lisans mezuniyetinin geçersiz olması nedeniyle yüksek lisans hakkının da ortadan kalktığını vurguladı.
Kurul ayrıca, Ekrem İmamoğlu'nun akademik kayıtlardan tamamen silinmesini kararlaştırdı. Bu kapsamda, mezuniyet bilgileri üniversitenin Akademik Kayıt Sistemi (AKSİS) ile YÖKSİS'ten silinecek. Ayrıca, yüksek lisans tezinin Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı Ulusal Tez Merkezi'nden kaldırılması için de işlem başlatıldı.
İmamoğlu'nun yüksek lisans diplomasının iptali, mart ayında lisans diplomasına yönelik alınan benzer bir kararın devamı niteliğinde. İstanbul Üniversitesi, 18 Mart 2025'te aldığı kararla, İmamoğlu'nun lisans diplomasını "yokluk" ve "açık hata" gerekçeleriyle iptal etmişti. Söz konusu diploma 6 Mayıs'ta veri tabanından kaldırılmıştı.
Diploma tartışmaları yargıya da taşındı. İstanbul 59. Asliye Ceza Mahkemesi, İmamoğlu hakkında "resmi belgede zincirleme sahtecilik" suçlamasıyla 2 yıl 6 aydan 8 yıl 9 aya kadar hapis istemiyle açılan davayı kabul etti. İlk duruşmanın 11 Eylül'de yapılması bekleniyor.